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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核微生物体mRNA中最重要的要的转录后呈现,在真核微生物体的病理学和顺利步骤中起着重要的的功能。血糖值高的认识问题就是种不可逆转的面神经中枢面神经系統退行内分泌疾病症状,如今发展趋势这些切制度化并没有完全性指出,有时候较弱更有效的防止和方法策略。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱菌物为其提供m6A甲基化解析的咨询服务管理,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

内容简称:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

买家企事业单位:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

科学研究原材料:小鼠脑组织

拜谱出具系统:m6A甲基化(MeRIP-seq)

英文论文图:

图1| 论文摘要图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

科研报告单

1.DCI小鼠海马中m6A遗传基因呈现的变换

探析者第一个组建了高脂生活和认识程度问题(DCI)的小鼠对模型。为比效参考组(n = 3)和DCI组(n = 3)之間的m6A染色体表达,探析者动用MeRIP-seq来进行了转录组条件内的m6A-seq讲解。在DCI组的10664个识别码染色体转录物(mRNAs)总共遇到参考组的23711几个不重合的m6A峰。较之之端,DCI组展示出23,751几个非重合m6A峰。这之中,934几个甲基化染色体在参考组和DCI组之間重合(图2)。

图2| 相较比较组和DCl组m6a体现基因组的维恩图

共司法鉴定出1274个对比甲基化的m6A位点(DMMSs),在其中60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化品质差别同质性超过照表组。深入分析其生长点情况报告发展m6A峰生长点在另一RNA中(图3A),并按照其其生长点的转录地区划分为之下五组:5'UTR、3'UTR、转录开始位点地区电影精彩场面、暂停帐号帐号登陆密码子电影精彩场面、开始帐号帐号登陆密码子电影精彩场面和识别码编码序列(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和暂停帐号帐号登陆密码子周围同质性聚集(图3B)。想要估评此类表观遗传上m6A淡化的地区,理论研究员选择了有峰标注的地区,并测量了此类表观遗传上reads的包裹率。在DCI组中,m6A淡化区歪向于3'UTR区(图3C)。所以mRNA内的DMMS都被位置到上色体去估评其生长点概述。有所不同于小鼠上色体的m6A淡化谱有所不同于。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的变更

要验测m6A绘制在DCI小鼠中的微生物工程基本功能,探索人从一组任选择内含DMMS的淀粉酶质编号什么是表观遗传确定GO和KEGG研究(图4A)。在GO研究中,高甲基化什么是表观遗传在上皮人体人体细胞核的环节中 、微生物工程的环节中 国家宏观调控、崔化活性酶类氧和杂环有机质物依照中差异性聚集。KEGG通道研究表现信息,高甲基化什么是表观遗传与T上皮人体人体细胞核感觉数字数据通道、小上皮人体人体细胞核癌症和RIG-I样感觉数字数据通道微信关联(图4B)。在低甲基化什么是表观遗传,GO研究表现信息在上皮人体人体细胞核的环节中 、代谢率的环节中 和依照的环节中 中差异性聚集有机质环有机质物、依照杂环有机质物和崔化活性酶类氧(图4C)。KEGG通道研究蕴含了低甲基化什么是表观遗传与肥厚性心肌病和Hippo数字数据通道的微信关联(图4D)。

图4| 差异化甲基化m6A位点的径路生物富集

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq数据文件的连合定性分析

陆陆续续探索人员管理将m6A MeRIP-Seq的的数据文件和原本RNA-Seq的的数据文件开展聯合解析,看到163个mRNA,m6A峰和mRNA关卡正相关该变。41种mRNA的m6A和mRNA关卡调涨,14种mRNA关卡变动。与此同时,30个表观遗传mRNA表答调涨,m6A关卡变动,7八个表观遗传mRNA表答变动,m6A关卡调涨(图5A)。最后的,搭建好几个个PPI网络信息来现示163个表观遗传数字的蛋白质中间的无线连接(图5B)。

如图已知6如图是,GO和KEGG探讨分成四组:(1) m6A调整,mRNA调低;(2) m6A调整,mRNA调整;(3) m6A调低,mRNA调低;(4) 表观遗传m6A调低和mRNA调整。在GO探讨中,m6A调整和mRNA调低的表观遗传在受损人体上皮细胞核消化吸收环节、果香族类化合物生物体合出环节和RNA消化吸收环节的国家宏观调空中更为明显丰度。KEGG探讨展示,等表观遗传在碳水化合物酸酸消化吸收、小受损人体上皮细胞核癌症、丙酸消化吸收和异丙醇酸消化吸收中丰度。我们对m6A调整和mRNA调整的表观遗传,GO探讨展示在亚铁融合、亚胺丙氨酸脱羧酶生物、天冬氨酸1-脱羧酶生物和受损人体上皮细胞核接入装设负国家宏观调空中丰度;KEGG探讨展示在2型糖尿病的风险、碳水化合物酸受损人体上皮细胞核分子4g数据信息环路和胰岛素4g数据信息环路中丰度。在GO探讨中,m6A调低和mRNA调低的表观遗传在寡肽融合、谷胱甘肽融合和二硫腐蚀物腐蚀修复酶生物中丰度,而在KEGG探讨中,他们在檸檬酸反复(TCA反复)、丙酸消化吸收和多植物物种凋亡中丰度。在GO探讨中,m6A调低和mRNA调整的表观遗传在胚胎骨膝盖基本特征出现、蛋白质激酶生物刺激和NADP消化吸收环节中丰度,在KEGG探讨中,m6A调低和mRNA调整表观遗传在新霉素、卡那霉素和脑神经鲜香美味分子4g数据信息环路中丰度。

图5| m6A甲基化与mRNA表明的联办分析一下

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG解析

拜谱生物工程总结

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱动物提供了m6A甲基化水平安全服务,拜谱生物制品可提供完善成熟的蛋清组学、代谢转化组学、转录组学同时多个学联席护肤品技术设备业务,欢迎致电咨询!

关联性文章:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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